Surveillance, épidémies et coordination

1Le système d'alerte précoce (EWARN)

L'EWARN (Early Warning, Alert and Response Network) est un système de surveillance simplifié, mis en place quand le système national ne fonctionne plus. Il repose sur :

• une liste courte de maladies prioritaires (diarrhée aqueuse aiguë, diarrhée sanglante, rougeole, paludisme, méningite, paralysie flasque aiguë, fièvre hémorragique, ictère aigu) ;
• des définitions de cas standardisées, simples, connues de tous les soignants ;
• un rapport hebdomadaire de toutes les structures, y compris un « rapport zéro » quand aucun cas n'est vu ;
• des seuils d'alerte : un seul cas suspect de choléra, de rougeole, de paralysie flasque ou de fièvre hémorragique déclenche une alerte immédiate ;
• la vérification de chaque alerte dans les 24 heures et une investigation rapide.

Deux indicateurs de qualité : la complétude et la promptitude des rapports, idéalement au moins 80 %. Un système qui ne reçoit qu'un rapport sur deux ne voit pas les épidémies.

2Riposter au choléra

Le choléra peut tuer en quelques heures par déshydratation, mais la létalité doit rester inférieure à 1 % avec une bonne prise en charge. La riposte combine :

• prise en charge : points de réhydratation orale (SRO) dans la communauté, unités et centres de traitement du choléra (UTC, CTC) pour la réhydratation intraveineuse au Ringer lactate des cas sévères, antibiotiques selon les recommandations ;
• confirmation par tests de diagnostic rapide puis culture au laboratoire ;
• WASH : chloration de l'eau, désinfection des domiciles des cas, ciblage des « cercles » autour des cas (CATI), hygiène, inhumations sûres ;
• vaccin oral contre le choléra (VCO), demandé au groupe international de coordination (ICG) ;
• communication sur les risques et engagement communautaire pour lutter contre les rumeurs.

Une létalité supérieure à 1 % signale un retard de prise en charge, un accès insuffisant ou une qualité de soins à corriger, souvent par plus de points de SRO au plus près des ménages.

3Riposter à la rougeole et aux autres épidémies

En camp, un seul cas confirmé de rougeole justifie une riposte. On isole et traite les cas (vitamine A, traitement des complications, surveillance nutritionnelle), on lance ou complète la campagne de vaccination et on cherche activement les cas. Pour toute épidémie, la démarche est la même : confirmer l'épidémie, définir les cas, décrire par temps, lieu et personne (courbe épidémique, carte, âge), formuler des hypothèses, mettre en place les mesures de contrôle et suivre l'évolution chaque jour.

Le Règlement sanitaire international (2005) impose aux États de notifier à l'OMS certains événements. Les ONG transmettent leurs alertes au ministère de la Santé et au cluster, jamais aux médias d'abord. Les stocks de préparation (kits choléra, tests rapides, vaccins via l'ICG) se prépositionnent avant la saison à risque.

4Cluster Santé, HeRAMS et protection des soins

Le cluster Santé, dirigé par l'OMS au niveau mondial, coordonne avec le ministère de la Santé : analyse commune des risques, cartographie 4W, harmonisation des protocoles et des listes de médicaments, plan de réponse, suivi des gaps et plaidoyer. Le système HeRAMS (Health Resources and Services Availability Monitoring System) recense, structure par structure, ce qui fonctionne réellement : bâtiment, personnel, équipements, services disponibles, causes d'indisponibilité. Il évite d'ouvrir un poste de santé à côté d'un centre qui fonctionne déjà.

Les attaques contre les soins (frappes sur des hôpitaux, violences contre les soignants, obstruction des ambulances, pillage) sont interdites par le droit international humanitaire, rappelé par la résolution 2286 (2016) du Conseil de sécurité. L'OMS les documente dans son système de surveillance des attaques contre les soins (SSA). Pour une ONG : signaler chaque incident, protéger le personnel et les patients, respecter la neutralité (pas d'armes dans les structures) et ne pas suspendre les soins sans plan de continuité.

5Mettre en place un EWARN pas à pas

Un système d'alerte précoce se conçoit en deux à quatre semaines et doit produire son premier bulletin hebdomadaire dans le premier mois. Le guide opérationnel de l'OMS sur l'alerte précoce et la riposte en situation d'urgence décrit la démarche ; elle est toujours conduite sous l'autorité du ministère de la Santé, avec l'appui de l'OMS et du cluster Santé, et vise dès le départ l'intégration dans la surveillance nationale.

Étape 1 : décider de l'activation et du périmètre

On active un EWARN quand le système de surveillance national ne fonctionne plus dans la zone touchée, ou ne peut pas absorber l'afflux de population, et quand le risque épidémique est élevé. On définit la zone géographique, les structures participantes (structures publiques, structures des ONG, cliniques mobiles, puis éventuellement la surveillance communautaire) et la durée prévisible.

Étape 2 : choisir les maladies et les définitions de cas

La liste doit rester courte (8 à 12 événements) et se limiter aux maladies à potentiel épidémique ou à forte mortalité, pour lesquelles une action est possible. Les définitions de cas sont celles du ministère ou de l'OMS, imprimées et affichées dans chaque salle de consultation.

Étape 3 : organiser le flux des données

1. Chaque structure remplit un registre de consultation où le diagnostic correspond aux définitions de cas.
2. Un formulaire hebdomadaire agrégé (cas et décès par événement, par tranche d'âge de moins de 5 ans et 5 ans et plus) est transmis chaque lundi avant midi pour la semaine épidémiologique écoulée, y compris un rapport « zéro cas ».
3. Un formulaire d'alerte immédiate est transmis par téléphone ou message dans les 24 heures pour tout événement à seuil d'un cas.
4. Le point focal de district ou du site saisit les données dans une base unique (souvent un module DHIS2 ou un tableur standardisé du cluster), contrôle la qualité et relance les structures manquantes.
5. L'équipe d'analyse produit le bulletin le mercredi ou le jeudi.

Étape 4 : former et superviser

Formation d'une journée pour les cliniciens (définitions de cas, remplissage, alerte), de deux à trois jours pour les points focaux (saisie, analyse simple, vérification, prélèvements). Supervision mensuelle de chaque structure avec contrôle croisé entre registre et formulaire hebdomadaire sur un échantillon de semaines.

Étape 5 : analyser et diffuser chaque semaine

• Courbes par événement sur au moins huit semaines, comparaison aux seuils.
• Morbidité proportionnelle et incidence pour 1 000 personnes par semaine, quand le dénominateur est fiable.
• Liste des alertes reçues, vérifiées dans les 24 heures, investiguées, et leur conclusion.
• Complétude et promptitude par structure, avec relance nominative des structures défaillantes.
• Bulletin de deux pages diffusé au ministère, au cluster, aux structures participantes, avec les actions demandées.

Un EWARN ne vaut que par sa capacité à déclencher une action. Chaque bulletin doit se terminer par une liste d'actions avec un responsable et une échéance ; une alerte vérifiée qui n'a donné lieu à aucune décision documentée est un échec du système, même si les données sont parfaites.

6Vérifier une alerte et investiguer une épidémie

La plupart des alertes ne sont pas des épidémies : erreur de définition de cas, double comptage, regroupement fortuit. La vérification évite de mobiliser des ressources pour rien ; l'investigation, quand l'alerte est confirmée, permet de cibler la riposte.

La vérification (dans les 24 heures)

1. Appeler le clinicien ou le point focal qui a signalé l'alerte : le cas répond-il bien à la définition ? Quelle date de début des symptômes ? Quelle provenance ?
2. Rechercher d'autres cas dans les registres de la structure et des structures voisines sur les deux dernières semaines.
3. Vérifier qu'un prélèvement a été fait ou peut l'être, et que le patient est pris en charge et isolé si nécessaire.
4. Classer l'alerte : écartée, en cours, confirmée comme signal nécessitant une investigation. Consigner la décision dans le registre des alertes.

L'investigation : les étapes classiques

La liste linéaire : le minimum

Identifiant (jamais le nom dans les versions partagées), âge, sexe, lieu de résidence (secteur, bloc), date de début des symptômes, date de consultation, signes cliniques clés, statut vaccinal si pertinent, prélèvement (date, type, résultat), devenir (guéri, décédé, en cours), lieu du décès (structure ou communauté). Les variables de date permettent de calculer le délai entre début des symptômes et prise en charge, un indicateur clé de l'accès.

Les prélèvements

• Choléra : selles prélevées avant antibiotique, test de diagnostic rapide sur place pour orienter, confirmation par culture ou PCR ; milieu de transport Cary-Blair pour l'acheminement.
• Rougeole : sérum pour la recherche d'IgM, ou prélèvement de gorge selon le protocole national.
• Méningite : liquide céphalorachidien, test rapide si disponible, milieu de transport pour la culture.
• Transport en triple emballage conforme aux règles de transport des matières infectieuses, avec fiche de renseignements et chaîne du froid si nécessaire.

La confirmation de laboratoire sert à confirmer l'épidémie et à identifier le germe ; elle n'est pas nécessaire pour chaque cas. Une fois l'épidémie confirmée, la riposte se fait sur la définition de cas clinique, et on ne prélève plus qu'un échantillon de cas pour suivre l'évolution et la sensibilité aux antibiotiques.

7Choléra : organiser la prise en charge et la riposte en pratique

Le Groupe spécial mondial de lutte contre le choléra (GTFCC) recommande une riposte multisectorielle coordonnée. Le volet prise en charge vise une létalité inférieure à 1 % ; les volets WASH, vaccination et engagement communautaire visent à interrompre la transmission.

Les trois niveaux de prise en charge

La réhydratation selon le degré de déshydratation

• Plan A (pas de déshydratation) : SRO à domicile après chaque selle liquide, poursuite de l'alimentation, zinc chez l'enfant.
• Plan B (déshydratation modérée) : SRO sous observation, environ 75 ml par kilogramme en 4 heures, puis réévaluation.
• Plan C (déshydratation sévère) : Ringer lactate par voie intraveineuse, 100 ml par kilogramme : chez la personne de plus d'un an, 30 ml/kg en 30 minutes puis 70 ml/kg en 2 heures et demie ; chez le nourrisson de moins d'un an, 30 ml/kg en une heure puis 70 ml/kg en 5 heures. Réévaluation fréquente, passage aux SRO dès que le patient peut boire.
• Antibiotiques : recommandés par le GTFCC pour les patients hospitalisés avec déshydratation sévère, selon le protocole national et la sensibilité locale (souvent doxycycline en dose unique chez l'adulte).

Organisation d'un CTC

Le CTC est clôturé avec une seule entrée et une seule sortie contrôlées, et se divise en zones : tri, observation, hospitalisation (lits choléra percés avec seau), convalescence, zone neutre (personnel, pharmacie, cuisine), morgue, gestion des déchets. Le lavage des mains et la désinfection des chaussures se font à chaque passage d'une zone à l'autre. Concentrations de chlore habituellement utilisées : 0,05 % pour les mains et la peau, 0,2 % pour les sols, les lits et les surfaces, 2 % pour les excréta, les vomissures et la préparation des corps. Les besoins en eau sont élevés, de l'ordre de 60 litres par patient et par jour et davantage, selon les recommandations Sphère pour les centres de traitement.

Estimer les besoins

On part d'une hypothèse de taux d'attaque (souvent 1 à 5 % dans un camp densément peuplé à faible couverture WASH, nettement moins en population ouverte) et d'une proportion de cas sévères, souvent de l'ordre de 20 %. Nombre de lits nécessaires au pic : cas sévères hospitalisés par jour au pic × durée moyenne de séjour (souvent 2 à 3 jours), plus une marge. Un adulte en déshydratation sévère consomme souvent de l'ordre de 6 à 10 litres de Ringer lactate sur son séjour, ce qui détermine la logistique. Les kits choléra de l'OMS (modules central, périphérique, communautaire et matériel) sont dimensionnés pour un nombre défini de patients ; on se réfère à la fiche en vigueur pour la composition exacte.

Interrompre la transmission

• Interventions ciblées autour des cas (CATI) : une équipe intervient dans les 24 à 48 heures dans un rayon d'environ 100 à 250 mètres autour du ménage d'un cas : traitement de l'eau à domicile, distribution de produits de chloration et de savon, promotion de l'hygiène, SRO, recherche active des cas et, si décidé, chimioprophylaxie des contacts du ménage ou vaccination en anneau.
• Eau : chloration aux points de distribution avec un objectif de chlore résiduel libre d'au moins 0,5 mg/l au point de distribution en contexte épidémique, contrôlé et enregistré chaque jour.
• Inhumations : inhumations sûres et dignes, désinfection des corps, accompagnement des familles pour adapter les rites.
• Vaccin oral contre le choléra : demande au Groupe international de coordination (ICG) par le ministère de la Santé, avec un plan de vaccination ; en raison de la pénurie mondiale, l'ICG applique depuis 2022 une stratégie à dose unique pour la riposte.
• Communication sur les risques et engagement communautaire : messages sur la réhydratation précoce et les lieux de soins, suivi et réponse aux rumeurs, implication des leaders religieux et des tradipraticiens.

8Exemple complet : l'épidémie de choléra du site de Kalombo

Contexte fictif : le site de Kalombo (40 000 déplacés, voir le jour 1) reçoit les premières pluies. Le WASH atteint désormais 11 litres par personne et par jour, avec 1 latrine pour 60 personnes. Le secteur A, en bordure de rivière, s'approvisionne en partie directement à la rivière. Le lundi de la semaine 1, l'EWARN signale deux adultes avec diarrhée aqueuse et déshydratation sévère, dont un décédé à domicile.

1. Vérification et confirmation (J0 à J3)

Le point focal vérifie dans les 6 heures : les deux cas répondent à la définition de choléra suspect, ils vivent dans le secteur A. Recherche dans les registres : 4 autres cas de diarrhée aqueuse chez des adultes depuis 5 jours. Deux tests de diagnostic rapide sont positifs ; cinq prélèvements partent en milieu Cary-Blair vers le laboratoire national, qui confirme Vibrio cholerae O1 à J3. Le ministère déclare l'épidémie et active la gestion d'incident ; le cluster convoque une réunion choléra quotidienne.

2. Données hebdomadaires

3. Lecture à la fin de la semaine 2 et décisions

Létalité de 10,4 % et 60 % des décès dans la communauté : le problème principal est l'accès, pas seulement la qualité. Le délai médian entre début des symptômes et prise en charge, calculé sur la liste linéaire, est de 19 heures, trop long pour une maladie qui tue en quelques heures. Décisions prises à la réunion :

1. Ouverture de 8 points de réhydratation orale, dont 4 dans le secteur A, ouverts de 6 heures à 22 heures, avec des agents formés au dépistage de la déshydratation sévère et à la référence immédiate.
2. Transformation de la zone d'observation du poste de santé Nord en UTC de 10 lits, en attendant le CTC.
3. Installation d'un CTC sur le terrain identifié lors de la préparation, avec équipe de nuit renforcée (deux infirmiers et un médecin d'astreinte) ; formation express au plan C et à la surveillance horaire.
4. CATI autour de chaque nouveau cas dans les 48 heures ; fermeture de l'accès direct à la rivière et installation de deux points d'eau chlorés provisoires dans le secteur A.
5. Messages communautaires sur les SRO et les points de réhydratation, diffusés par les relais, les leaders religieux et une radio locale ; suivi des rumeurs selon lesquelles « on meurt au CTC ».
6. Demande de vaccin oral contre le choléra à l'ICG par le ministère, avec un plan de campagne pour l'ensemble du site.

4. Dimensionnement du CTC (calcul fait en semaine 3)

5. Analyse par secteur (fin de semaine 6)

Le taux d'attaque cinq fois plus élevé dans le secteur A que dans le secteur D confirme l'hypothèse de l'eau de rivière. La baisse des cas à partir de la semaine 5 est réelle : la complétude des rapports reste supérieure à 90 %, ce qui exclut un artefact de surveillance. La létalité hebdomadaire est passée de 16,7 % à 1,1 %, mais la létalité cumulée (3,2 %) reste élevée à cause des premières semaines : le rapport de fin d'épidémie doit présenter les deux et expliquer le retard initial.

Leçon principale tirée du retour d'expérience : le site de CTC et un stock choléra avaient été prévus, mais aucun point de réhydratation orale n'avait été prépositionné dans les secteurs. Les décès des deux premières semaines sont survenus surtout la nuit, à domicile, chez des patients qui auraient pu être sauvés par des SRO et une référence rapide.

9Travailler dans le cluster Santé et protéger les soins : le mode opératoire

Ce que le cluster attend d'un partenaire

Préparer une réunion de coordination utile

• Envoyer ses données avant la réunion, pas pendant.
• Arriver avec une demande précise (par exemple : « nous n'avons plus de capacité de référence obstétricale la nuit dans le secteur Sud ; qui peut prendre le relais ? ») plutôt qu'une liste d'activités.
• Signaler les gaps qu'on ne peut pas couvrir, même si cela met en évidence ses propres limites.
• Repartir avec les décisions et les responsables, et les répercuter à l'équipe de terrain le jour même.

Les groupes techniques du cluster

Selon le contexte, le cluster s'appuie sur des groupes de travail techniques : santé sexuelle et reproductive (coordination du DMU), SMSPS (souvent commun avec la protection), vaccination, choléra ou maladies diarrhéiques, information sanitaire, et un groupe de coordination de la riposte aux épidémies. Les groupes conjoints santé-nutrition-WASH sont essentiels pour le choléra et la malnutrition.

Protéger les soins : procédure pour une organisation de santé

1. Avant : signaler les coordonnées des structures aux parties au conflit par le mécanisme de notification humanitaire quand il existe ; afficher l'interdiction des armes à l'entrée ; former le personnel au comportement face aux porteurs d'armes et au tri impartial ; plan de continuité (stocks dans les structures, personnel de remplacement, lieux de repli).
2. Pendant un incident : sécurité du personnel et des patients d'abord ; poursuite des soins vitaux si possible ; documentation factuelle (date, heure, lieu, type d'attaque, conséquences, sans spéculation sur l'auteur dans les rapports partagés).
3. Après : signalement au point focal du SSA de l'OMS et au cluster dans les 24 heures ; information de la cellule sécurité et du siège ; soutien psychosocial du personnel ; évaluation de la reprise des activités ; contribution au plaidoyer collectif plutôt qu'aux déclarations isolées, en tenant compte du risque pour le personnel.

Le SSA classe les incidents selon le type (violence avec arme, obstruction, enlèvement, pillage, militarisation d'une structure, etc.) et les ressources touchées (structures, personnel, patients, transports, fournitures). Ces données alimentent les rapports du Secrétaire général sur la protection des civils et l'initiative du CICR « Les soins de santé en danger ».

La neutralité d'une structure de santé se construit chaque jour : soigner tous les blessés selon le seul critère médical, refuser les armes et les escortes armées dans l'enceinte, ne pas laisser une partie s'approprier les lieux. Un seul manquement peut faire de la structure une cible.

10Erreurs fréquentes, variations de contexte, questions d'entretien et références

Erreurs fréquentes

Variations selon le contexte

Ce que regardent bailleurs et évaluateurs

• La complétude et la promptitude de la surveillance, et la traçabilité des alertes jusqu'à la décision.
• La létalité des épidémies prises en charge, ventilée par lieu de décès, et l'explication des écarts.
• La préparation : plans de contingence, stocks prépositionnés, équipes formées avant la saison à risque.
• La coordination effective : rapports 4W, participation aux groupes techniques, alignement sur le plan de riposte national.

Questions d'entretien et éléments d'une réponse solide

1. « Votre EWARN a une complétude de 55 %. Que faites-vous ? » Identifier les structures défaillantes et les causes (formulaire, réseau, charge de travail, absence de retour), simplifier, relancer, superviser, montrer l'utilité par le bulletin ; ne pas interpréter les tendances tant que la complétude est basse.
2. « Un cas suspect de rougeole est signalé dans un camp. Quelles sont vos 72 premières heures ? » Vérification, prélèvement, isolement, prise en charge avec vitamine A, recherche active, vérification de la couverture, préparation ou lancement de la vaccination de riposte, information du ministère et du cluster.
3. « La létalité du choléra est de 5 %. Quelles hypothèses ? » Distinguer décès communautaires et décès en structure ; accès (distance, nuit, peur, coût) contre qualité (tri, volumes de Ringer, surveillance, cas compliqués) ; mesures correspondantes.
4. « Comment dimensionnez-vous un CTC ? » Hypothèse de taux d'attaque, proportion de cas sévères, durée de séjour, lits au pic, consommation de Ringer et d'eau, personnel, marge, révision hebdomadaire.
5. « Une de vos structures a été pillée par un groupe armé. Que faites-vous ? » Sécurité du personnel, documentation factuelle, signalement au SSA et au cluster, soutien au personnel, analyse de la reprise, plaidoyer collectif plutôt que dénonciation isolée.

Références clés

• OMS, Early warning alert and response in emergencies: an operational guide (guide opérationnel EWARN).
• Groupe spécial mondial de lutte contre le choléra (GTFCC), guides sur la prise en charge des patients, la surveillance, les interventions ciblées autour des cas et la demande de vaccin oral auprès de l'ICG.
• OMS, fiches et listes des kits choléra.
• Médecins Sans Frontières, Prise en charge d'une épidémie de choléra (guide pratique).
• OMS, Règlement sanitaire international (2005), notamment l'annexe 2.
• OMS, directives sur la riposte aux épidémies de méningite et seuils épidémiques en Afrique.
• Global Health Cluster, Health Cluster Guide (2020) et outils 4W.
• OMS, Surveillance System for Attacks on Health Care (SSA), méthodologie.
• Conseil de sécurité des Nations unies, résolution 2286 (2016) ; CICR, initiative Les soins de santé en danger.
• Association Sphère, Le manuel Sphère (2018), normes sur les maladies transmissibles et sur l'eau dans les centres de traitement.